Da es ein sehr verbreitetes Werkzeug war konnte es ein Ninja, ohne aufzufallen, mit sich führen. Das Kunai gab es in den verschiedensten Ausführungen und variierte in der Länge zwischen 20 und 40 Zentimetern. Aufbewart wurde es meist in einer ledernen Scheide, die am Gürtel oder mit einem Seil diagonal über den Oberkörper getragen.
Der Ninja nutzte das Kunai als Einbruchwerkzeug, Kletterutensiel und als Nah- kampfwaffe. Hierbei wurde es ähnlich wie ein Tanto benutzt. Das Kunai war aber im Gegensatz zum Tanto zweischneidig, woraus sich weitere Einsatzmöglichkeiten ergaben.
Als Nahkampfwaffe konnte der Ninja damit schneiden, stechen, mit dem Griffende schlagen, hebeln und das Kunai als Wurfgeschoss einsetzen. Manchmal befestigte der Ninja auch ein Seil mit einem Gewicht oder Eisenring am Kunai und so entstand ein “Kunai-fundo”.